受战争影响，旗民生活艰难，最终引发多起反清起义

　　在内地捻军等反清起义的影响下，东三盟地区的反清武装斗争亦在酝酿之中。由于清政府抽调大批东三盟马队官兵远征镇压捻军起义，导致东三盟官府的武备连年处于空虚状态，给当地的反清组织以可趁之机。
　　清政府财政紧缺，为了支持战争，加紧了对内蒙古东三盟地区的横征暴敛，大量征调银两、马匹等物资，给民众带来了沉重的压力。种种矛盾重重叠加，最终引发了多起反清武装案件。
　　白凌阿起义
　　白凌阿，昭乌达盟敖罕贝子府人，以贩马为生。
　　镇压捻军起义期间，清廷频繁征调蒙古马队入关参战，为支付战争的庞大开销加紧了对东三盟地区旗民的搜刮，旗民生活苦不堪言。
　　白凌阿行走各地，对旗民生活的困苦深有体会，痛恨清廷施加给蒙古各旗人民的沉重负担，最终走上反清道路。
　　咸丰九年（1859），他加入王洛七的反清组织，后与赵宝成、才宝善、刘珠以及科尔沁左翼中旗蒙古人弥勒僧格等联合，活动于奉省及科尔沁地区。
　　咸丰十年（1860）初，白凌阿与张广义等人夺取奉天饷车，十一月夺取科尔沁旗饷车。
　　王达带领义州（今辽宁义县）人民发起了抗粮拒捕运动，白凌阿与朝阳县（今辽宁朝阳县）的李凤奎、刘珠前来支援，此批起义军很快便发展壮大，并于咸丰十一年（1861）正月攻入义州城，清廷派兵前来拦截，双方激战多次，王达在战斗中被捕，白凌阿成为该批起义军的新首领，起义队伍中包括蒙、汉、回各族受清廷压迫的民众。
　　白凌阿带领起义队伍转战于卓索图盟境内。咸丰十一年（1861）二月，白凌阿联络李凤奎，发动朝阳起义，朝阳知县富昌带兵镇压，经过激战，枪伤贼匪二十余人，杀死五人，生擒四人。
　　二月初四日，白凌阿等人率领起义军发起了第二轮进攻，集结六七百人，分路冲进朝阳县城，放火焚烧衙署，劫放监犯三百余名，击伤兵丁，劫掠库银。
　　三月义军攻占朝阳县，驻扎于该县东南的凤凰山一带，李凤奎于朝阳称帝。白凌阿与李凤奎兵分两路北上，清廷派克兴额带领驻扎于古北口的防兵、春佑带领热河兵五百名前赴朝阳追击。
　　起义军进入喀喇沁、翁牛特等旗，东三盟官兵大部分都调往僧格林沁军营镇压捻军，无力应对此次的武装起义，故清廷将僧格林沁前调之哲里木官兵五百名，著准其暂行截留，前赴朝阳镇压起义军。
　　此股义军又一度攻入赤峰，威逼热河行宫。清廷派重兵出击，起义军寡不敌众，后李凤魁率部回师朝阳，白凌阿受伤返回库伦。
　　咸丰十一年（1861）冬，白凌阿率二三百人再入义州境内，吉林将军明玉派马队官兵追击，清廷命卓索图、哲里木蒙古各王旗一体派兵协同堵剿。
　　同治元年（1862）正月，白凌阿率众在闾阳驿（今辽宁闾阳镇）活动，春佑等人带兵堵截，令东三盟各盟长派兵协助，并下令盟旗内的民众不准藏匿起义军。双方几经交战，清军终没能将起义军彻底消灭，弥勒僧格逃回郭尔罗斯前旗被捕。
　　同治二年（1863）十月，白凌阿联合才宝善带众一百余人，进入昌图厅（今辽宁昌图县）榆树台等处，击败清军，强抢五十余社财物。
　　此股起义军虽人数不多，但清廷忙于应对捻军起义，东北及东三盟地区兵力不足，迟迟未能有效控制白凌阿起义发展的局势。
　　白凌阿为躲避清军追击，逃往吉林长春厅属之靠山屯等地，过敖罕、奈曼、进入卓索图盟。前期被补的弥勒僧格在押往热河途中趁机逃跑，几经周折与白凌阿汇合，继续追随白凌阿辗转各地发动起义。
　　同治三年（1864）起，随着太平军、捻军起义均接近尾声，各地农民起义形式不甚乐观时，白凌阿改变策略，不再正面出击，改用秘密活动的形式联系群众斗争。清廷探闻白凌阿、弥勒僧格在敖汉旗哈巴气地方藏匿，清廷命卓索图、昭乌达两盟长联合麒庆派兵勇前往搜捕。
　　在清军的穷追猛打下，白凌阿一军于同治元年（1862）七月，在吉林境弓棚子地方被消灭。光绪元年（1875），隐匿民间的白凌阿最终为清廷擒获并处死。八枝箭起义
　　八枝箭指的是八个佐领，隶属于卓索图盟土默特右旗台吉苏克督尔。嘉庆二十二年（1817），清廷将卓索图盟内土默特台吉苏克都尔属下人丁，分编为十八佐领，由该旗台吉内挑备能胜任者报院，补放管旗章京以及副章京各一员负责管束。
　　镇压捻军起义期间，清廷加大了对东三盟地区旗民的压榨，沉重的劳役摊派，更使得八枝箭的人民苦不堪言。
　　道光年间，贝子德勒克色楞承袭札萨克之后，对旗民的搜刮更是变本加厉，日常生活骄奢淫逸。
　　咸丰年间，德勒克色楞跟随僧格林沁南下镇压太平军、捻军起义，强征兵差和财物，加剧了旗民的劳役负担，迫于无奈，八枝箭的人民开始进行反清斗争，主要以不服兵役、不当差，拒绝参加三年一次的比丁工作，拒绝承担清廷摊派给箭丁的繁重劳役等形式展开活动。
　　因多次向清廷呈控减轻赋税无果，咸丰七年（1857），八枝箭的群众奋起反抗，聚集二百余人，主要首领有福泰、常明、德尔沁札布、丹珠尔等人，将被旗府侵占的土地重新夺回，击退前来阻止的官兵。
　　此后多年，再未承担任何摊派，镇压太平军、捻军起义期间亦拒不从征。同治七年（1868），土默特右旗札萨克贝子那木色登协同热河都统麟庆，负责查办八枝箭旗员与箭丁互控案。
　　卓索图盟加派兵力镇压八枝箭旗民的反抗，此时福泰病重，在重重压力下，为确保其他骨干成员的安全，福泰将罪名全部揽下，此事暂得平息，其他人员秘密行动，继续进行抗清斗争。
　　同治九年（1870），在清军的猛攻下，主要首领丹珠尔等先后拿获，并有瘸子常明等自行投案。
　　后常明、德尔沁札布、丹珠尔均被发往南方五省驿站充苦差，其他骨干成员哈哈笑、老希等，亦被发配山东、河南驿站充当苦差。
　　清廷不只惩罚了八枝箭群众，还将办差不利的管旗章京阿昌阿、花尚阿等一并斥革。八枝箭群众的斗争迫使清廷对东土默特地区的比丁章程进行了修改，申明交纳丁银旧章，箭丁子女不许妄行役使及随侍陪嫁。
　　虽然此次抗清起义最终被镇压，但最终还是在一定程度上缓解了该旗贵族对八枝箭人民的剥削。老头会起义
　　与八枝箭约略同时，卓索图盟土默特左旗百姓因镇压捻军起义期间清廷摊派的赋税差役负担过重以及王公贵族的横征暴敛压榨下，亦在绰金泰、那木萨赉的组织下成立老头会，进行抗争。
　　咸丰十年（1860），绰金汰、那木萨赉等老头会成员赴京呈控差役过重，要求按地亩重新分配差役。
　　因呈控未果，绰金汰、那木萨赉率众抢夺蒙古贵族的牲畜等财产，并击退前来追捕的清兵。一些蒙古贵族开始控告老头会聚众抢掠，此案官民互相呈控，两造不下五六百人，关键证人屡催不到，呈控毫无结果。
　　同治元年（1862）十月，清廷命新任热河都统瑞麟查办此案，据调察得知，此案梅伦格位扎拉散，明知阿勒巴图差重，不仅不加体恤，还禁止旗民提出减差的要求，矛盾日积月累，几至激成事端。
　　经审讯虽无中饱私囊的情况，但坐实了差役过重导致旗民反抗的事实；协理旗务土布丹扎布因与格位扎拉散系属姻亲关系，对旗民的呼声充耳不闻。
　　该二人最终为清廷处罚，格位扎拉散著革去梅伦，土布丹扎布著革去协理，均永远不准当差。
　　同治二年（1863）六月，该旗贝勒散巴勒诺尔一再向清廷呈控绰金汰、那木萨赉聚众拒捕，勒索钱财。
　　清廷恐事态扩大，令卓索图盟长派兵镇压。绰金汰、那木萨赉二人于同治二年（1863）十二月自动投案，老头会起义军其余人则继续活跃于三盟境内。
　　绰金汰、那木萨赉投案后向清廷申述，武装起义实属无奈之举，实因该旗派差过重，邀人求减差钱，但清廷没有理会他们的诉求，继续镇压其余老头会义军。
　　此时的老头会义军已经达到数千人，他们手持鸟枪等武装器械，与清军交战的过程中将塔布囊库纳西哩杀毙。
　　同治三年（1864）那木萨赉越狱逃脱，该旗官兵行追击时，那木萨赉聚众扺拒，枪毙马夫敖特萨尔扎布和村长张云，后继续参加反清起义。
　　清廷命盛京将军、奉天府府尹、锦州副都统、卓索图盟长严饬地方文武，令所属蒙古各旗一体严拏，必须将其抓获。
　　同治四年（1865），那木萨赉被枭首示众，其他骨干成员继续带领老头会群众在清军的镇压下活跃于卓索图盟境内，直到同治六年（1867）老头会成员依旧向清廷呈控，将斗争延续到底。头条群星10月榜