2020020121:40 2019新型冠状病毒蔓延,相关研究也迅速出炉〔1〕。1月21日,科学家发表了新型冠状病毒的蛋白模型〔2〕这些数据说明了什么?2019新冠病毒与非典病毒有何异同? 本文作者来自英国帝国理工学院,博士生期间的课题同样围绕于病毒蛋白模型,且所用技术与这次研究相同。对于这次的研究数据,她提出了自己的解读(以下仅代表作者个人观点)。 2019新型冠状病毒(2019nCov),与之前的非典病毒(SARS)、中东呼吸综合症冠状病毒(MERS)都属于冠状病毒。目前,已知能够感染人类的冠状病毒有7种,上述3种可以引起致命的呼吸系统疾病,剩下的4种则是人类感冒的常见病原体。 什么是冠状病毒? 冠状病毒是一类RNA病毒的总称,这类病毒的遗传物质为RNA。之所以叫做冠状病毒,是因为在电子显微镜下,病毒边缘上的突起刺突蛋白(S)看上去就像皇冠一样。 冠状病毒的结构:刺突蛋白(S)与HE蛋白是进攻武器,帮助病毒进入人体细胞;膜是防御武器,帮助病毒存活更久;核壳蛋白(N)是辅助武器,帮助病毒有效复制;RNA基因组则是病毒的真身参考资料〔3〕 这个刺,是病毒进入人体细胞强有力的武器,它可以跟人体细胞表面一种叫做ACE2的受体结合,病毒借机进入到细胞中去简单来说,ACE2受体是锁,刺突蛋白(S)是钥匙;通过这把可以匹配的钥匙,病毒才能够进入细胞。病毒进入了细胞之后,就会现出RNA病毒的真身。RNA病毒自己生不出小病毒,但它可以让宿主细胞像一个工厂一样,按照病毒RNA遗传信息的指示,源源不断地复制出更多的新病毒。 上面所说的受体ACE2,叫做血管紧张素转化酶,广泛存在于人体各组织,但在肺毛细血管中的活性最高。所以,身体的各个组织都有可能先被病毒感染,但绝大部分初期症状都体现在呼吸系统。 如果能够成功截断开锁的过程,从理论上来说,就能有效地将一大波病毒拒于细胞的门外,让它们从一开始就不能感染我们。因此,这把钥匙刺突蛋白(S)是很多学者研究的方向,也是抗击冠状病毒的方案之一。 新型冠状病毒和非典病毒都有自己的刺突蛋白(S),这两个蛋白有些相似,却又不完全一样。最近发表的这篇论文〔2〕,比较了两个病毒的刺突蛋白(S),概括来说有以下三点: 1)从氨基酸序列来说,新型冠状病毒跟非典病毒有76。47的相似率。 2)从3D空间来说,模拟出来的新型冠状病毒跟非典病毒的3D结构非常相似。 3)从与人类受体结合的能力来说,非典病毒更容易与人类受体结合。 这些数据是什么意思? 1、氨基酸序列 根据论文公布的数据,新型冠状病毒与非典病毒,在氨基酸序列上有76。47的相似率。 个人觉得,对于不同蛋白来说,76。47的相似率还是比较高的。比如,我研究的艾滋病毒辅助蛋白Vpu,单链一共只有81个氨基酸,在不同的蛋白亚型里,也会有十来个不同的氨基酸。以MERS为例,MERS的刺突蛋白(S)有1353个氨基酸,可变几率也会更大。而不同的蛋白质,区别可能也会更大。 但重点是,氨基酸变了,不一定会影响蛋白质的整体功能。这就好比,做菜的时候要放白砂糖,但如果不小心放成了冰糖,也许口感有那么一点区别,但反正都是甜的;当然,如果放成了盐,那区别就大了氨基酸链也是如此,氨基酸的改变,可能是白砂糖和冰糖的区别,也可能是糖和盐的区别。 相比之下,氨基酸排列引起了可能的结构变化,继而导致了功能变化,后两者才是我们更看重的。 蛋白质的一级结构是一串氨基酸NationalHumanGenomeResearchInstitute 2、3D空间结构 关于论文里讨论的3D结构,可以简单理解为,模拟出来的这两个刺突蛋白(S),在空间距离上的差异有多少米,也就是它们的空间结构有多相似。结果发现,它们差了1。45,也就是0。000000000145米。你没看错,1110米。再考虑到这个刺突蛋白(S)的普遍长宽,一般为长30nm,宽5nm(1nm19米)〔4〕,这样的差异是非常小的。 因为,蛋白质不是静止不动的。在实际情况下,蛋白质会蹦来蹦去,扭来扭去,好比一根弹簧。蹦一下,这个1。45的差距就没了。所以,这两个蛋白质的3D空间结构是非常相似的。 蛋白模型:红色表示ACE2受体蛋白,棕色表示2019新型冠状病毒刺突蛋白(S),蓝色表示SARS病毒刺突蛋白(S)参考资料〔1〕 3、蛋白质功能 空间结构近乎相同,那么功能呢?沿用之前的钥匙和锁模型,这两把长得差不多的钥匙都能开锁吗?答案是可以的,只不过非典病毒的这把钥匙开得更顺畅。 论文此处比较的是刺突蛋白(S)与人体细胞受体ACE2的结合。新型冠状病毒与受体的结合自由能是50。6kcalmol,非典病毒是78。6kcalmol。结合自由能越低,病毒蛋白和人类受体结合时释放的能量就越多,结合也就越稳定。因此,相比之下,非典病毒与ACE2受体的结合更稳定。 但是,这并不代表新型冠状病毒与ACE2受体结合得不好,只能说非典病毒更好。论文指出,一般来说,结合能量为10kcalmol时,就该认为结合得不错。 这说明了什么? 新型冠状病毒与人类受体结合得不错,但没非典病毒那么好从这个信息,我们可以试着推论出这次病毒的几个特点。 1、入侵能力 非典病毒的结合率更好,意味着就单个病毒而言,非典病毒更容易进入人体,人体也就更容易被感染。因此,有学者认为,2019新型冠状病毒的传染性没有非典病毒强,我也同意这个说法。 2、传染性 然而,正是因为相比于非典,这次的病毒没有那么容易进入细胞、造成破坏,所以人类感染初期的症状也就不那么明显。这样一来,受感者不会警觉,可能也会出现漏诊、误诊的情况;由于错失及早就医的时机,受感者也更有可能感染其他人所以,从这个角度来说,这次的病毒传染性强。 当然,这只是病毒传播的一个因素。病毒的致命率、生命周期、传播渠道、在空气中可以滞留多久、病毒量、在进入人体细胞后复制新病毒的速度等等,都能够影响病毒的传染力。 新型冠状病毒的电镜图片中国疾控中心 3、病毒对人体的影响 病毒对人体的影响,是由病毒本身以及人体免疫系统的反应共同决定的。 如果一个病毒的杀伤力很强,人体的免疫系统很弱,病毒一进来,就把人体细胞杀精光,那么这个病毒对人体的影响肯定是很大的。但是,如果一个病毒本身的杀伤力不强,人体免疫系统的反应却过于强烈,挥起宝刀一阵乱打,结果打的都是自己人,那么人类正常的细胞也会被过激的免疫系统弄死这种情况下,我们也说这个病毒对人体的影响很大。正常的免疫反应,应该是按部就班进行的,太快太慢都不行。 研究发现,非典病毒更倾向于打倒青年人,是因为青壮年的免疫系统比较好,更加灵敏、强烈,而非典病毒的结合能力强,更容易导致免疫系统的过激反应〔5〕。然而,这次的新型冠状病毒结合能力虽不差,但却没有非典病毒那么好,免疫系统的反应相对缓和一些。也就是说,比较强的免疫系统能有较多时间反应,从而作出正常的部署;但是,免疫系统比较弱的人,就很容易中招。 从最近报道的病例来看,这次整个病症的周期比非典长;同时,根据《柳叶刀》的最新研究,中老年人也更容易感染这次的新型冠状病毒其实,更准确的说法应该是,单从新型冠状病毒的结合能力来说,不论年老年少,免疫力弱的人都更容易中招。 不论年龄,免疫力弱的人都更容易中招Pixabay 从实际来看,初期弱弱的症状、春运、春节家庭聚会,这些都给2019新型冠状病毒带来了很好的传播机会。假期里减少多人聚集,尽量在家隔离,开工之后也不要掉以轻心,做好防护,别急着呼朋唤友聚餐蹦迪不给病毒传播的途径,这才是最稳妥的方法。 注:本文基于理论研究,并不能代表专家和一线医生的观点。仅供参考,如有错误,欢迎指正! 参考资料: 〔1〕NewChinavirus:Sivequestionsscientistsareasking,E。CallawayandD。Cyranoski,NatureNews,2020 〔2〕EvolutionofthenovelcoronavirusfromtheongoingWuhanoutbreakandmodelingofitsspikeproteinforriskofhumantransmission,X。Xuet。al。,ScienceChinaLifeSciences,2020 〔3〕Wikipedia:Coronavirus,scientificanimations。com,2020 〔4〕NaturalProteinFibers,C。Viney,EncyclopediaofMaterials:ScienceandTechnology,2001 〔5〕SevereimmuneresponsekillsSARSvictims,R。Walgate,NewScientist,2003