活细胞转录组测序45000个植物公共RNAseq文库在线搜索

　　快报摘要WrapUp
　　科技突破
　　ScienceBreakthrough
　　NAR：基于大片段knockin的高效基因编辑器TEd基因编辑
　　NBT：高保真Cas13蛋白变体加速RNA编辑工具应用基因编辑
　　FASE专辑：农业基因组编辑：技术、应用与调控基因编辑
　　JIPB：开发植物转基因成分CRISPRCas12a高效快检技术基因检测
　　Nature：活细胞转录组测序技术首次实现测序后细胞存活基因测序
　　ACS：脂质工程促进酿酒酵母中虾青素增产靶合成生物
　　NatMicrobiol：基于豆科植物控制固氮菌多肽能与血红素结合的治疗应用微生物
　　JSB：首个BR信号途径BES1BZR1类型amylase蛋白三维晶体结构AI设计
　　PBJ：45000个植物公共RNAseq文库在线搜索平台生物计算
　　科技突破
　　NAR：基于大片段knockin的高效基因编辑器TEd基因编辑
　　哺乳类动物细胞中对于长片段DNA的精准插入效率非常低，严重阻碍了CRISRP技术在大片段基因编辑时的操作可行性。上海科技大学高冠军团队报道了一种简单、高效的基因编辑方法TEd。该研究通过在传统HRdonor上引入转录过程以改变DNA修复过程中的供体染色质结构状态来促进同源重组的发生，从而实现细胞内大片段DNA的高效编辑。TEd初步解决了传统CRISPRCas9介导的同源重组在大片段knockin效率低的问题。此外，该方法对于基因删除、取代、点突变较传统方法都有显著提高。
　　原文链接：
　　https：academic。oup。comnaradvancearticledoi10。1093nargkac6766656067
　　NBT：高保真Cas13蛋白变体加速RNA编辑工具应用基因编辑
　　CRISPRCas13系统已被用于各种生物体中的靶向RNA降解，但周围的任意RNA的旁切效应限制了它们在体内的应用。辉大基因中国科学院神经研究所团队研究设计了一个双荧光报告系统，用于检测哺乳动物细胞中的旁切效应和筛选Cas13变体。通过诱变减少或消除混杂的RNA结合，该研究获得了几种用于靶向RNA降解的高保真Cas13变体，具有最小的旁切效应，可用于基础研究和治疗应用中的RNA靶向降解。
　　原文链接：
　　https：www。nature。comarticless41587022014197
　　FASE专辑：农业基因组编辑：技术、应用与调控基因编辑
　　基因编辑技术在农业绿色可持续发展过程中起着极为重要的作用。《农业科学与工程前沿》（FASE）特邀中国农业大学赵要风教授、吴森教授、及中国科学院遗传与发育生物学研究所高彩霞教授为组稿人，在2020年度第二期专辑农业基因组编辑：技术、应用与调控中详细介绍基因编辑技术的发展现状、在农业家畜及植物中的应用，并重点介绍了美国、巴西和中国对基因编辑技术的政策调控。
　　JIPB：开发植物转基因成分CRISPRCas12a高效快检技术基因检测
　　随着全球转基因作物种植面积的不断增加，各国对转基因的监管日趋严格，因此对转基因成分的准确检测显得尤为重要。舜丰生物联合中国热带农科院三亚研究院研究基于环介导的等温扩增（LAMP）和LbCas12a的反式切割活性，实现了对pCaMV35S启动子，NOS终止子，卡那霉素抗性基因（NPTII）及潮霉素磷酸转移酶基因（HPT）等难于建立酶联免疫检测的植物转基因成分的快速检测。该研究开发的实验装置与PCR的结果100一致，为田间转基因快检提供了高效便携、高灵敏度、低成本的检测方式。
　　原文链接：
　　https：doi。org10。1111jipb。13342
　　Nature：活细胞转录组测序技术首次实现测序后细胞存活基因测序
　　每一次细胞动态变化记录的技术变革都极大的推动了细胞生物学的发展，目前还不能直接地测量细胞全转录组状态变化。中科院联合瑞士洛桑联邦理工学院及苏黎世联邦理工学研究开发了活细胞转录组测序技术（Liveseq），首次实现了让单细胞进行转录组测序后依然能够保持细胞存活。该技术兼具全基因表达分辨率和动态解析能力，是目前对单细胞转录组直接动态测量、偶联细胞现有状态和其后续表型的唯一解决方案。
　　原文链接：
　　https：doi。org10。1038s41586022050469
　　ACS：脂质工程促进酿酒酵母中虾青素增产靶合成生物
　　虾青素是一种高价值的抗氧化剂，其亲脂性与酿酒酵母等模式微生物对亲脂性物质的有限储存能力相冲突，需要适当的空间调节。浙江大学研究团队使用三功能的CRISPR系统筛选了一个与脂质代谢相关的基因库，鉴定了opi3和hrd1作为新的工程目标，通过适度上调脂质合成促进虾青素合成。通过将脂滴工程的空间调控和温度响应途径表达的时间调控相结合，在补料分批发酵中产生了446。4mgL的虾青素。
　　原文链接：
　　https：doi。org10。1021acssynbio。2c00044
　　NatMicrobiol：基于豆科植物控制固氮菌多肽能与血红素结合的治疗应用微生物
　　从血液中去除游离血红素有助于治疗由依靠血红素存活的细菌或寄生虫引起的疾病。麻省理工学院团队研究发现，豆科植物用来控制固氮细菌的肽能为血液中游离血红素过多的患者带来潜在的治疗方法。研究人员发现，用NCR427这种肽治疗弓形虫可以防止该寄生虫在人类细胞上形成斑块。研究强调关于植物微生物相互作用的基础研究也能转化为治疗应用。
　　原文链接：
　　https：dx。doi。org10。1038s4156402201192y
　　JSB：首个BR信号途径BES1BZR1类型amylase蛋白三维晶体结构AI设计
　　BES1BZR1作为BR信号途径的核心转录因子，一直以来是该领域的研究热点。加州大学戴维斯分校研究利用X射线衍射解析了BR信号途径BES1BZR1类型amylaseBAM8结构域高分辨率蛋白三维晶体结构，进一步解释了其非催化机制。该研究报道了第一个BES1BZR1类型amylase的晶体结构，并解释其非催化机制，为BES1BZR1的调控以及amylase的研究提供了新见解。
　　原文链接：
　　https：authors。elsevier。comc1fba33kGCFFw2j
　　PBJ：45000个植物公共RNAseq文库在线搜索平台生物计算
　　随着测序成本的降低和数据质量的提高，RNAseq已经成为研究基因表达常用手段，需要通过统一的处理流程分析所有公开可用的文库数据。南方科技大学翟继先课题组发布了可以方便快速查询45，000个植物公共RNAseq文库的在线资源。该工作对所有的文库信息进行整理和分类，得到大量的突变体、处理条件以及不同组织和生长发育时期的文库，除了对所有文库进行标准分析之外，同时对含有生物学重复的860组突变体文库和2，575组处理相关的文库进行了基因差异表达分析。
　　原文链接：
　　https：onlinelibrary。wiley。comdoi10。1111pbi。13798